En la infección de Botrytis conocida como podredumbre noble, el hongo elimina el agua de las uvas, dejando un alto porcentaje de sólidos, como azúcares, ácidos frutales y minerales. Esto da lugar a un producto final concentrado más intenso. Se dice frecuentemente que el vino tiene un aroma a madreselva y un final amargo en el paladar.
Botrytis complica la producción de vino haciendo la fermentación más compleja. Botrytis produce un antifúngico que mata a la levadura y con frecuencia detiene la fermentación antes de que el vino haya acumulado niveles suficientes de alcohol. Se conoce que viticultores de vinos dulces alemanes llevan cubas de vino fermentando a sus casas para mantener la levadura durante la noche para asegurar que el nivel de alcohol llega a los niveles mínimos legales para que el producto se pueda llamar vino.
El moho gris de Botrytis es otra condición de las uvas causado por Botrytis cinerea que lleva a grandes pérdidas de la industria del vino.
Botrytis cinerea afecta a muchas otras plantas. Es económicamente importante sobre frutas blandas como las fresas y cultivos de flores especialmente de rosa debido a malos cortes. A diferencia de las uvas, las fresas afectadas no son comestibles y se descartan. Para minimizar la infección de los campos de ftener una buena ventilación para evitar que la humedad quede atrapada entre las hojas y el fruto. Esto se complementa elevando ligeramente las plantas de fresa del suelo usando paja, en vez de plantarlas directamente sobre el suelo.
